え？ ATOK2006のキーアサイン？
Security Updateをかけたらキー入力が替わってしまう現象？
Mac Tech Labさんのこの記事「ATOK2006のキーアサインがおかしくなる...?!」を読んで、私のはどうなっていたっけ？（この時点で異変に気が付いていなければ、問題はないんでしょうけど）と思い、自分のATOK環境設定を確認してみました。(^_^;)
私の場合は「キーボードの種類/自動設定」になっていて、これは確か今のキーボード（matlas OS X keyboard）を接続したときにやった設定だったと思うので、問題はないんだということでしょう。
正確には、このキーボードはASCII配列（USキー）なんですが、どういう訳かこの「自動」にしていたほうがちゃんと動くので、こうしていたような記憶があります。
Mac Tech Labさんのケースは、純正キーボードでのお話しなのかな？